يسعى قسم الميكروبيولوجي والمناعة بالجامعة المصرية الروسية إلى تحقيق التميز والريادة والمنافسة على المستوى المحلي والإقليمي والعالمي في مجال التعليم والتعلم والبحث العملي وخدمة المجتمع في مجال الوقاية من الأمراض المعدية واكتشاف المضادات الحيوية الحديثة ورفع الوعي الصحي في البيئة المحيطة.
يهدف قسم الميكروبيولوجي والمناعة بالجامعة المصرية الروسية إلى الارتقاء بجودة التعليم وتوفير البيئة المناسبة لتحقيق مستوى متميز والمنافسة على المستوى المحلي والإقليمي في مجال تشخيص الأمراض المعدية وابتكار الأساليب الحديثة لعلاجها والوقاية منها مع مراعاة التنافسية في مجال البحث العملي وتلبية متطلبات سوق العمل وخدمة المجتمع والبيئة.